リソース / Resources
👋 やぁみんな！便利なツール、データセット、チュートリアルを紹介します。✨
ソフトウェアとチュートリアル / Software & tutorials
GWAS Tutorial
GWASに関する基本から応用までをカバーするハンズオン・チュートリアルです。
A hands-on tutorial covering GWAS fundamentals through advanced topics.
GWASLab
GWAS解析後の統計量のハンドリングやプロットなどができる Python パッケージです。
Python package for handling summary statistics and plotting after GWAS.
Complex Trait Genetics Catalog
複雑形質遺伝学解析のためのリファレンスデータやツールのカタログです。
A collection of resources for complex trait genetics analysis.
MENTR
非コーディング RNA の細胞型特異的転写への変異効果を機械学習で予測するツールです。
Machine learning tool for predicting cell-type-specific transcription of non-coding RNAs from genome sequences via in silico mutagenesis.
DeepSpaCE
組織切片画像から空間的な遺伝子発現量やトランスクリプトームクラスタを深層学習で予測するツールです。
Deep learning method that predicts spatial gene expression levels and transcriptomic cluster types from tissue section images.
サマリー統計量 / Summary statistics
East Asian GWAS of peptic ulcer disease
胃・十二指腸潰瘍（PUD）および PUD サブタイプの東アジア人特異的および cross-ancestry メタ解析のサマリー統計量は GWAS Catalog で公開されています。TMM-50K 由来の統計量（HP 層別解析）は jMorp で取得できます。
EAS-specific and cross-ancestry meta-analysis summary statistics for PUD and PUD subtypes are available at the GWAS Catalog. Summary statistics derived from TMM-50K (HP-stratified analysis) are available at jMorp.
データセット一覧 / Dataset table 8
| 解析 / Analysis | コホート / Cohort | リポジトリ / Repository | ID / Accession |
|---|---|---|---|
| 胃・十二指腸潰瘍（EAS メタ解析） / Peptic ulcer disease (EAS meta-analysis) | 東アジア人 / East Asian | GWAS Catalog | GCST90270926 |
| 胃潰瘍（EAS メタ解析） / Gastric ulcer (EAS meta-analysis) | 東アジア人 / East Asian | GWAS Catalog | GCST90270927 |
| 十二指腸潰瘍（EAS メタ解析） / Duodenal ulcer (EAS meta-analysis) | 東アジア人 / East Asian | GWAS Catalog | GCST90270928 |
| 胃・十二指腸潰瘍合併（EAS メタ解析） / Comorbidity of gastric and duodenal ulcers (EAS meta-analysis) | 東アジア人 / East Asian | GWAS Catalog | GCST90270929 |
| 胃・十二指腸潰瘍（cross-ancestry メタ解析） / Peptic ulcer disease (cross-ancestry meta-analysis) | 東アジア人 + ヨーロッパ系 / East Asian + European | GWAS Catalog | GCST90270930 |
| 胃潰瘍（cross-ancestry メタ解析） / Gastric ulcer (cross-ancestry meta-analysis) | 東アジア人 + ヨーロッパ系 / East Asian + European | GWAS Catalog | GCST90270931 |
| 十二指腸潰瘍（cross-ancestry メタ解析） / Duodenal ulcer (cross-ancestry meta-analysis) | 東アジア人 + ヨーロッパ系 / East Asian + European | GWAS Catalog | GCST90270932 |
| 胃・十二指腸潰瘍およびサブタイプ（HP 層別解析） / PUD and PUD subtypes (HP-stratified analysis) | TMM-50K / TMM-50K | jMorp | TGA000011 |